Η ενδοδοντική μικροχειρουργική αποτελεί μια θεραπευτική επιλογή όταν η συμβατική ενδοδοντική θεραπεία ή η επανεπέμβαση δεν είναι εφικτές ή δεν έχουν επιτύχει το επιθυμητό αποτέλεσμα.
Στη συνηθέστερη μορφή της, μετά τη δημιουργία κρημνού, αφαιρείται ο φλεγμονώδης ιστός και το ακρορριζικό τμήμα της μολυσμένης ρίζας. Ακολουθεί ανάστροφη παρασκευή και έμφραξη με σύγχρονα βιοσυμβατά υλικά.
Με τη χρήση χειρουργικού μικροσκοπίου και εξειδικευμένων εργαλείων, η επέμβαση πραγματοποιείται με μεγαλύτερη ακρίβεια και ελάχιστο τραυματισμό, προσφέροντας ταχύτερη επούλωση.
Η μικροχειρουργική μπορεί να συμβάλει καθοριστικά στη διατήρηση δοντιών που διαφορετικά θα οδηγούνταν σε εξαγωγή.